События в этой игре будут развиваться в 26 веке, а играть мы будем за некоего Грейсона Ханта (Grayson Hunt), члена подразделения специального назначения Black Ops. Получив от главы подразделения, генерала Серрано, задание уничтожить человека, виновного во множестве смертей, Хант в последствии узнает, что его отправили убивать очень хорошего парня. Хант отказывается выполнить миссию и попадает в розыск как военный преступник.

Ханту приходится скрываться в какой-то глуши, где он десять лет жил с киборгом Иши Сато (Ishi Sato), пил горькую и строил планы мести. И вот, увидев однажды флагманский корабль Серрано, наш герой, наконец-то, осознает, что злодеем является его бывший босс, и что с этим нужно срочно что-то делать. Решив в одиночку раскатать по кирпичикам всю злобную организацию, Хант достал пылящееся без дела оружие и отправился на дело, решив по дороге основательно сократить местное поголовье кровожадных мутантов.